Nikon desarrollo uno de los software más avanzados para análisis y procesamiento de imágenes. Permite una total integración de soluciones a los usuarios de NIKON además de accesorios de otros fabricantes arrojando documentaciones a color que incluyen mediciones básicas y reportes. La combinación de inteligencia automatizada, diagramas de flujo, atención a detalles y diseños creativos hacen del NIS-Elements Documentación el paquete perfecto para aplicaciones clínicas e industriales como son comparación de tejidos, reporte y archivo de imágenes, análisis de partículas, análisis de defectos y fibras y a análisis de materiales textiles. Las funcionalidades del núcleo de documentación incluyen mediciones manuales de longitud y área así como registro de imágenes de gran tamaño. Dispone de módulos opcionales como: Profundidad focal extendida (EDF) la cual crea todos los planos focales de una imagen a partir de diferentes tomas en el eje Z, facilitando una imagen en 3D. También posee el módulo de medición automática para conteo de objetos usando una técnica conocida como binarización, además de módulos para estudio de microestructura de metales como aleaciones y fundiciones de hierro.